Eduardo terminou a sua carreira como guarda-redes e é agora um nome de confiança na equipa técnica de Carlos Carvalhal, passando a ser o treinador de guarda-redes dos arsenalistas, ocupando o lugar de Jorge Vital, que saiu para o Sporting CP, interrompendo um ciclo iniciado em 2001/2002.
Eduardo terá um vínculo com os bracarenses válido por cinco temporadas, pois será também ele o coordenador da escola de guarda-redes do SC Braga.