Besiktas já entrou em contato com o FC Porto, com o objectivo de garantir o empréstimo de Aboubakar por uma temporada.
Em 2016/2017 o avançado portista já representou o clube turco, fez 38 jogos e fez 19 golos.
As várias lesões que teve fez com que perdesse espaço na equipa, e na ultima temporada fez apenas 11 jogos e marcou 4 golos.